Kecuali judul pertama, semua judul sudah disesuaikan ke dalam Ejaan Yang Disempurnakan.

• Sepoeloeh Kepala Nica (1946), hilang di tangan penerbit Balingka, Pasar Baru, Jakarta, 1947
• Kranji–Bekasi Jatuh (1947), fragmen dari Di Tepi Kali Bekasi
• Perburuan (1950), pemenang sayembara Balai Pustaka, Jakarta, 1949
• Keluarga Gerilya (1950)
• Subuh (1951), kumpulan 3 cerpen
• Percikan Revolusi (1951), kumpulan cerpen
• Mereka yang Dilumpuhkan (I & II) (1951)
• Bukan Pasarmalam (1951)
• Di Tepi Kali Bekasi (1951), dari sisa naskah yang dirampas Marinir Belanda pada 22 Juli 1947
• Dia yang Menyerah (1951), kemudian dicetak ulang dalam kumpulan cerpen
• Cerita dari Blora (1952), pemenang karya sastra terbaik dari Badan Musyawarah Kebudayaan Nasional, Jakarta, 1953
• Gulat di Jakarta (1953)
• Midah Si Manis Bergigi Emas (1954)
• Korupsi (1954)
• Mari Mengarang (1954), tak jelas nasibnya di tangan penerbit
• Cerita Dari Jakarta (1957)
• Cerita Calon Arang (1957)
• Sekali Peristiwa di Banten Selatan (1958)
• Panggil Aku Kartini Saja (I & II, 1963; III & IV dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
• Kumpulan Karya Kartini, yang pernah diumumkan di berbagai media; dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
• Wanita Sebelum Kartini; dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
• Gadis Pantai (1962-65) dalam bentuk cerita bersambung, bagian pertama triologi tentang keluarga Pramoedya; terbit sebagai buku, 1987; dilarang Jaksa Agung. Jilid II & III dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
• Sejarah Bahasa Indonesia. Satu Percobaan (1964); dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
• Realisme Sosialis dan Sastra Indonesia (1963)
• Lentera (1965), tak jelas nasibnya di tangan penerbit
• Bumi Manusia (1980); dilarang Jaksa Agung, 1981
• Anak Semua Bangsa (1981); dilarang Jaksa Agung, 1981
• Sikap dan Peran Intelektual di Dunia Ketiga (1981)
• Tempo Doeloe (1982), antologi sastra pra-Indonesia
• Jejak Langkah (1985); dilarang Jaksa Agung, 1985
• Sang Pemula (1985); dilarang Jaksa Agung, 1985
• Hikayat Siti Mariah, (ed.) Hadji Moekti, (1987); dilarang Jaksa Agung, 1987
• Rumah Kaca (1988); dilarang Jaksa Agung, 1988
• Memoar Oei Tjoe Tat, (ed.) Oei Tjoe Tat, (1995); dilarang Jaksa Agung, 1995
• Nyanyi Sunyi Seorang Bisu I (1995); dilarang Jaksa Agung, 1995
• Arus Balik (1995)
• Nyanyi Sunyi Seorang Bisu II (1997)
• Arok Dedes (1999)
• Mangir (2000)
• Larasati (2000)
• Jalan Raya Pos, Jalan Daendels (2005)